Front Mission 2 предлагает игроку разнообразный геймплей, который состоит из нескольких аспектов. Один из них — это тактические бои, где игрок должен использовать свои ванзеры с учётом их возможностей и ограничений. Игрок может перемещать своих роботов по полю боя, атаковать врагов, защищаться, использовать специальные умения и предметы. Бои проходят пошагово, и каждый ход имеет определённое количество очков действия (ОД), которые тратятся на разные действия.
Другой аспект геймплея — это настройка ванзеров, которая позволяет игроку изменять их внешний вид и характеристики. Игрок может покупать, продавать и менять разные части ванзеров, такие как корпус, голова, руки, ноги, оружие и дополнительное оборудование. Каждая часть имеет свои параметры, такие как вес, прочность, защита, мощность и т.д. Игрок также может улучшать своих роботов с помощью специальных модулей, которые дают разные бонусы и эффекты.